Jedną z fundamentalnych potrzeb jakie spełnia chirurgia dziecięca to operacje wad wrodzonych tuż po urodzeniu. Bez nich, zdecydowana większość noworodków dotkniętych tym problemem nie miałaby szans na przeżycie. Wady wrodzone dotyczą różnych układów - układu krążenia (np. tetralogia Fallota, koarktacja aorty), układu pokarmowego (np. zarośnięcie dwunastnicy czy innych odcinków jelita) czy układu nerwowego (np. rozszczep kręgosłupa).
W przypadku niektórych wad czas operacji ma decydujące znaczenie na wynik. O ile noworodek z zastawką cewki tylnej (ZCT, PUV - posterior urethral valve) będąc